1921年4月6日，廈門大學假集美學校舉行開校式。
    令人意想不到的是，創(chuàng)辦初期的廈門大學卻危機頻頻，幾至停辦.在接二連三的重大事件中，首先發(fā)生的是鄧萃英校長的辭職。
    習讀教育，留學日美，一向從事教學工作的鄧萃英，對教育行政是熟悉的，如能專心主理校務，當能稱職。他在兩頭為難的情況下不得已身兼北京高師及廈門大學兩校校長，主觀上是想把兩校的工作都做好。但北京與廈門相距數(shù)千里，兩校并重根本辦不到。他原在北京任職，社會基礎在北京，自然而然便流露出以“北高師”為主、以“廈大”為次的心態(tài)，而這是陳嘉庚所無法容忍的。于是，鄧萃英與陳嘉庚便產生了尖銳的矛盾。
    為了緩和矛盾，鄧萃英做出一些努力，如積極招聘教師、請人設計校舍、邀請杜威來校訪問講學等等。其中他自認為最滿意的一項，是求到當時北京民國政府“大總統(tǒng)”徐世昌親筆題贈廈大的一個匾額和一幅對聯(lián)，那幅對聯(lián)還署上徐世昌的雅號“水竹村人”。可是，鄧萃英想不到陳嘉庚卻十分鄙視北洋官僚出身的徐世昌，自己的一番用心竟告落空；加上校舍設計、校費運作等項均遭陳嘉庚否定，于是開始萌發(fā)辭意。
    廈門大學開學后，鄧萃英送走了杜威，便主動找陳嘉庚商談，但雙方在關鍵問題上意見無法統(tǒng)一。鄧萃英考慮再三，終于在5月3日向陳嘉庚提出辭職，并致函給廈門大學籌備委員會各委員。
    新開辦的廈門大學剛成立不到一個月，首任校長便提出辭職，這消息不能不引起全校師生的極大驚詫。鄭貞文、何公敢出于對學校的關心，力勸鄧萃英繼續(xù)留任，并請求陳嘉庚予以挽留，但終因雙方矛盾無法調和而宣告調解失敗.陳嘉庚隨即接受鄧萃英的辭職，旋即任命校長秘書兼理科主任的劉樹杞教授代理校長職務，并電邀新加坡的摯友林文慶出任廈門大學校長。 
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