自乾隆五十三年，至同治十三年，福建大員輪值巡臺(tái)制度實(shí)際執(zhí)行八十六年問(wèn)，一般有兩種情況福建大員才肯輪值巡臺(tái)：一是輪值之年循例巡臺(tái)，其職責(zé)主要有查察官吏、出具考語(yǔ)，巡閱營(yíng)武，稽查地方民情等；更多的則是因事巡臺(tái)，如遇有海盜、發(fā)生民變、分類械斗、番界紛爭(zhēng)等，福建大員奉命追剿海盜、平定民變、彈壓械斗、招墾番地。據(jù)統(tǒng)計(jì)這八十六年問(wèn)，共有福州將軍三十四人，三十五任，三人巡臺(tái)；閩浙總督（福建總督）四十八人，四十八任，六人巡臺(tái)；福建巡撫三十一人，三十四任，三人巡臺(tái)；福建陸路提督二十六人，二十六任，五人巡臺(tái)；福建水師提督二十七人，二十七任，十一人巡臺(tái)。共有二十七人，三十二次巡臺(tái)，其中，有六人兩次巡臺(tái)。其朝代分布為：乾隆朝三人次，嘉慶朝七人次，道光朝十三人次，咸豐朝0人次，同治朝六人次。另有光緒元年至十一年駐臺(tái)閩撫七人。
無(wú)論是循例巡臺(tái)，還是因事巡臺(tái)，每遇輪值巡臺(tái)之期，一般是由福建督撫奏明朝廷，說(shuō)明巡臺(tái)緣由、巡臺(tái)大員、巡臺(tái)日期。而巡臺(tái)大員從離開(kāi)福建衙署到巡臺(tái)結(jié)束回署，必將其所見(jiàn)所聞一一奏報(bào)，因此留下大量珍貴文獻(xiàn)。《中央政府管理臺(tái)灣歷史文獻(xiàn)叢編：清代福建大員巡臺(tái)奏折（套裝全2冊(cè)）》依據(jù)海峽兩岸宮藏檔案，整理福建大員輪值巡臺(tái)和閩撫駐臺(tái)（光緒元年至十一年）奏摺，并按照參與輪值巡臺(tái)或駐臺(tái)的福建大員之官職分為福州將軍巡臺(tái)奏摺、福建督撫巡臺(tái)奏摺、福建水陸提督巡臺(tái)奏摺，及其他巡臺(tái)奏摺，共四卷、四百七十一份。