本書是本研究團隊十年來開展團頭魴研究的總結(jié)，是一部遺傳理論與育種實踐相結(jié)合的專著，涵蓋了團頭魴種質(zhì)資源、遺傳選育、基因組學及功能基因等方面的內(nèi)容。具體內(nèi)容包括：團頭魴形態(tài)學特征及群體遺傳結(jié)構(gòu)、野生群體的種質(zhì)資源、分子標記的開發(fā)與應(yīng)用、經(jīng)濟性狀遺傳參數(shù)的評估和性狀關(guān)聯(lián)分子標記的篩選、新品種團頭魴華海1號選育過程、三倍體和雌核發(fā)育的誘導及鑒定、全基因組與功能基因組及團頭魴性狀相關(guān)基因的結(jié)構(gòu)和功能分析。
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目錄
序
前言
第一章 總論 1
第一節(jié) 種質(zhì)資源研究現(xiàn)狀 1
一、形態(tài)學 1
二、細胞遺傳學 2
三、生化遺傳學 2
四、分子種群遺傳學 3
五、功能基因 4
六、組學 5
第二節(jié) 遺傳改良研究 5
一、雜交育種 5
二、選擇育種 7
三、分子標記輔助育種 7
四、雌核發(fā)育育種 7
五、多倍體育種 8
第三節(jié) 種質(zhì)資源保護存在的問題及保護策略 9
一、種質(zhì)資源保護存在的問題 9
二、種質(zhì)資源保護策略 9
第二章 團頭魴種質(zhì)資源 11
第一節(jié) 團頭魴形態(tài)學特征 11
一、梁子湖團頭魴雌雄生長特征 11
二、梁子湖、鄱陽湖和淤泥湖團頭魴的形態(tài)學比較 15
三、團頭魴形態(tài)性狀對體重的影響效果分析 24
第二節(jié) 群體遺傳結(jié)構(gòu) 29
一、線粒體基因組 29
二、微衛(wèi)星標記 40
三、相關(guān)序列擴增多態(tài)性 46
第三章 團頭魴分子標記的開發(fā)與應(yīng)用 50
第一節(jié) 微衛(wèi)星分子標記的開發(fā) 50
一、群體構(gòu)建及測序分析 51
二、微衛(wèi)星分布特征及EST-SSR標記的開發(fā) 53
三、微衛(wèi)星多重PCR體系的構(gòu)建 54
第二節(jié) SNP標記的開發(fā) 56
一、基于轉(zhuǎn)錄組測序的SNP標記開發(fā) 56
二、基于簡化基因組測序的SNP標記開發(fā) 58
第三節(jié) 基于微衛(wèi)星標記的親子鑒定 59
一、家系構(gòu)建及親子鑒定方法 59
二、親子鑒定結(jié)果與分析 61
第四章 團頭魴經(jīng)濟性狀的遺傳參數(shù)評估 65
第一節(jié) 團頭魴經(jīng)濟性狀的遺傳力評估 65
一、生長性狀 65
二、抗病性狀 69
第二節(jié) 生長性狀的育種值評估 73
一、個體單個性狀的育種值估算 74
二、個體綜合育種值 75
第三節(jié) 親本對子代生長快和生長慢群體的貢獻及優(yōu)良親本選擇 75
一、生長快和生長慢群體的生長表型 76
二、親子鑒定分析 76
三、親本對生長快和生長慢群體的貢獻分析 77
四、有效群體數(shù)量 79
五、親本育種值分析 79
第四節(jié) 不同地理群體間雜交優(yōu)勢和配合力分析 81
一、6月齡生長性狀 82
二、20月齡生長性狀 87
第五章 團頭魴性狀關(guān)聯(lián)分子標記的篩選 93
第一節(jié) 生長性狀相關(guān)的分子標記 93
一、生長性狀關(guān)聯(lián)微衛(wèi)星標記篩選 94
二、生長性狀的QTL定位 98
第二節(jié) 抗病性狀相關(guān)的分子標記 101
一、MHC II a基因序列的測定與SNP分析 102
二、轉(zhuǎn)鐵蛋白Tf及其受體TfR1-a基因SNP開發(fā)、鑒定及抗病關(guān)聯(lián)分析 104
三、NLRC3-like基因的SNP開發(fā)、鑒定及抗病關(guān)聯(lián)分析 106
第三節(jié) 耐低氧性狀相關(guān)的分子標記 108
一、基于轉(zhuǎn)錄組的低氧相關(guān)SNPs的開發(fā) 109
二、fih-1基因耐低氧性狀SNPs的開發(fā) 111
第六章 團頭魴新品種華海1號的選育 113
第一節(jié) 華海1號的選育過程 113
第二節(jié) 華海1號的遺傳進展及穩(wěn)定性分析 114
一、遺傳進展分析 114
二、染色體遺傳穩(wěn)定性 115
三、群體遺傳一致性 115
第三節(jié) 華海1號的養(yǎng)殖性能分析 118
一、歷年對比試驗結(jié)果 118
二、歷年生產(chǎn)性能對比試驗結(jié)果 120
第七章 團頭魴三倍體和雌核發(fā)育的誘導及鑒定 122
第一節(jié) 三倍體的誘導及鑒定 122
一、誘導方法 122
二、倍性的鑒定 123
第二節(jié) 團頭魴雌核發(fā)育的誘導及形態(tài)特征的分析 128
一、誘導方法 129
二、誘導結(jié)果及鑒定分析 129
第三節(jié) 雌核發(fā)育群體的微衛(wèi)星分析 135
一、微衛(wèi)星對雌核發(fā)育子代的鑒定 135
二、雌核發(fā)育后代純合性的評價 137
三、團頭魴正常群體和雌核發(fā)育群體微衛(wèi)星位點的遺傳多樣性分析 139
第八章 團頭魴全基因組測序及比較研究 141
第一節(jié) 團頭魴全基因組測序與進化分析 141
一、團頭魴全基因組測序 141
二、團頭魴全基因組進化分析 147
第二節(jié) 高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 150
一、群體的建立及遺傳連鎖圖譜構(gòu)建的方法 150
二、RAD測序數(shù)據(jù)分析 151
三、SNP分子標記發(fā)掘與基因分型 151
四、高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 152
第三節(jié) 不同食性魚類內(nèi)源性消化系統(tǒng)的比較基因組學研究 155
一、內(nèi)源性消化酶基因家族分析 156
二、嗅覺基因家族分析 156
三、味覺受體基因家族結(jié)果分析 159
第九章 團頭魴功能基因組的研究 165
第一節(jié) 生長性狀相關(guān)的組學分析 165
一、生長性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 165
二、生長性狀相關(guān)的小RNA組分析 169
第二節(jié) 抗病性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 178
一、細菌感染后團頭魴肝臟的轉(zhuǎn)錄組學研究 178
二、細菌感染后團頭魴肝臟、脾臟、腎臟混合組織轉(zhuǎn)錄組學研究 183
三、細菌感染后團頭魴肝臟小RNA組學研究 187
第三節(jié) 耐低氧性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 199
第四節(jié) 肌間骨性狀相關(guān)的組學分析 211
一、不同組織轉(zhuǎn)錄組分析 211
二、不同組織miRNA組分析 222
第十章 團頭魴性狀相關(guān)基因的結(jié)構(gòu)和功能分析 229
第一節(jié) 生長相關(guān)基因 229
一、生長相關(guān)基因的克隆 229
二、生長相關(guān)基因?qū)ζ渖L發(fā)育的表達調(diào)控 230
第二節(jié) 免疫相關(guān)基因 238
一、Toll樣受體基因 238
二、熱激蛋白基因 247
三、MHC II基因 252
四、干擾素調(diào)節(jié)因子 255
五、白細胞介素6的表達及其啟動子活性分析 259
六、補體系統(tǒng)基因 263
七、鐵代謝相關(guān)基因 268
第三節(jié) 耐低氧相關(guān)基因 281
一、低氧感受基因——phd和fih 282
二、低氧響應(yīng)基因——Hif-α家族 289
第四節(jié) 其他相關(guān)基因 290
一、ghrelin、NPY和CCK基因 290
二、團頭魴MRF家族基因的序列特征和功能分析 295
三、Dmrt家族基因 298
主要參考文獻 306
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