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本書分三篇共24章，第一篇為腸道菌群基礎部分，分為六章，分別介紹小兒消化道的解剖生理特點、腸道菌群的形成和組成、研究工具和方法、人類宏基因項目、小兒腸道菌群的建立及其影響因素、腸道菌群的生物拮抗及其在感染中的作用、腸道菌群的維持和增強腸道屏障作用、腸道菌群的免疫作用和腸道菌群的營養(yǎng)和代謝作用。第二篇為益生菌藥物部分，分為八章，分別介紹幾種主要的益生菌的藥理藥效作用，如雙歧桿菌、乳桿菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌和地衣芽孢桿菌和蠟樣芽孢桿菌等，對益生菌的安全性和臨床應用進行介紹。第三篇為臨床應用篇，分為十章，分別介紹腸道菌群在腹瀉病、NEC、IBS、抗生素相關性腹瀉、IBD、幽門螺桿菌感染、內源性感染、肝膽疾病、過敏性疾病和代謝性疾病等領域的相關進展和益生菌的臨床應用。

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