第一章　整合微生物菌組劑的提出、研發(fā)與應用 001
第一節(jié)　連作障礙與根際微生物組 002
一、連作障礙引起作物產(chǎn)量下降 002
二、作物根際微生物組變化 003
三、作物根際微生物組的重建 004
四、整合微生物組菌劑概念的提出 004
五、整合微生物組菌劑的研究 005
第二節(jié)　整合微生物組菌劑的研究方法 008
一、整合微生物組菌劑的生產(chǎn)過程 008
二、整合微生物組菌劑營養(yǎng)成分分析 008
三、整合微生物組菌劑芽胞桿菌活菌總含量的測定 009
四、基于宏基因組的整合菌劑產(chǎn)品細菌微生物組的測定 009
五、整合微生物組菌劑對種子發(fā)芽影響的測定 009
六、整合微生物組菌劑對番茄穴盤育苗壯苗作用的研究方法 010
七、整合微生物組菌劑對番茄穴盤育苗青枯病防控的研究方法 010
第三節(jié)　整合微生物組菌劑產(chǎn)品特性 010
一、整合微生物組菌劑生產(chǎn)工藝簡述 010
二、整合微生物組菌劑營養(yǎng)成分分析 012
三、整合微生物組菌劑芽胞桿菌總活菌數(shù)測定 013
四、基于宏基因組整合菌劑產(chǎn)品細菌微生物組測定 016
五、整合微生物組菌劑對種子發(fā)芽的影響 020
六、整合微生物組菌劑的壯苗作用 021
七、整合微生物組菌劑對病害防控的作用 022
第四節(jié)　整合微生物組菌劑特點及生產(chǎn)質(zhì)量標準化討論 023
一、整合微生物組菌劑提出、研發(fā)與應用 023
二、整合微生物組菌劑特點 024
三、整合微生物組菌劑生產(chǎn)出大量的芽胞桿菌 025
四、整合微生物組菌劑中豬病原菌的含量 025
五、 整合微生物組菌劑對種子發(fā)芽、種苗生長和病害防控的影響 026
六、整合微生物組菌劑生產(chǎn)工藝和質(zhì)量標準初步確定 027

第二章　菌劑發(fā)酵床特征微生物空間分布 028
第一節(jié)　菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌生態(tài)位 029
一、概述 029
二、研究方法 030
三、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位墊料營養(yǎng)特性分析 032
四、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位細菌宏基因組測序 033
五、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位芽胞桿菌活菌計數(shù) 034
六、基于宏基因組測序菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位芽胞桿菌數(shù)量（read）分布 035
七、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位芽胞桿菌亞群落分化 039
八、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位芽胞桿菌種群空間分布型 041
九、菌劑發(fā)酵床空間生態(tài)位芽胞桿菌數(shù)量（read）與墊料營養(yǎng)特性的相關(guān)性 042
十、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌空間生態(tài)位寬度 044
十一、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌空間生態(tài)位重疊 046
十二、討論與總結(jié) 048
第二節(jié)　菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌數(shù)量與空間分布研究 051
一、概述 051
二、研究方法 052
三、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌種類和數(shù)量分布 055
四、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌空間分布 056
五、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌空間分布型 066
六、菌劑發(fā)酵床芽胞桿菌多樣性指數(shù) 068
七、討論與總結(jié) 071
第三節(jié)　菌劑發(fā)酵床真菌空間分布 075
一、概述 075
二、研究方法 076
三、菌劑發(fā)酵床真菌的分離鑒定 079
四、菌劑發(fā)酵床真菌種群空間分布格局 080
五、菌劑發(fā)酵床真菌種群空間分布頻次 082
六、菌劑發(fā)酵床真菌種群空間分布型 082
七、菌劑發(fā)酵床真菌種群多樣性指數(shù) 083
八、菌劑發(fā)酵床真菌種群生態(tài)位特性 084
九、討論與總結(jié) 086

第三章　整合微生物組菌劑微生物組多樣性 088
第一節(jié)　整合微生物組菌劑微生物含量估計 089
一、概述 089
二、整合微生物組菌劑樣本芽胞桿菌屬活菌計數(shù) 089
三、整合微生物組菌劑細菌含量的估算 094
四、討論與總結(jié) 097
第二節(jié)　菌劑發(fā)酵床與堆肥工藝產(chǎn)品微生物組差異 097
一、不同工藝細菌屬種類差異 097
二、不同工藝前5個優(yōu)勢細菌屬結(jié)構(gòu)差異 110
三、不同工藝千級含量（read）細菌屬組成差異 111
四、不同工藝芽胞桿菌屬種類差異 112
五、菌劑發(fā)酵床與堆肥工藝產(chǎn)品細菌活菌數(shù)的估計 113
六、討論與總結(jié) 114
第三節(jié)　整合微生物組菌劑細菌物種多樣性 114
一、整合微生物組菌劑細菌物種分析 114
二、整合微生物組菌劑物種組成 158
三、整合微生物組菌劑細菌樣本特性 247
四、整合微生物組菌劑細菌物種差異分析 313
五、整合微生物組菌劑多級物種差異分析（LEfSe） 338
六、整合微生物組菌劑細菌物種系統(tǒng)進化分析 342
七、討論與總結(jié) 345

第四章　整合微生物組菌劑的作用機理 347
第一節(jié)　概述 348
一、土壤微生物組 348
二、作物連作障礙及其防治 349
三、微生物組的生產(chǎn)技術(shù) 351
四、微生物組菌劑功能研究 352
第二節(jié)　添加菌劑對肉湯實驗可培養(yǎng)細菌群落影響 353
一、概述 353
二、研究方法 353
三、可培養(yǎng)細菌分離 355
四、可培養(yǎng)細菌鑒定 360
五、不同菌劑對可培養(yǎng)細菌群落數(shù)量變化的影響 369
六、整合菌劑對可培養(yǎng)細菌群落生態(tài)學特性的影響 373
七、討論與總結(jié) 395
第三節(jié)　添加菌劑對肉湯實驗微生物組的影響 396
一、概述 396
二、肉湯實驗體系微生物組總量的恒定特性 396
三、添加菌劑對肉湯實驗微生物組結(jié)構(gòu)變化的影響 399
四、添加菌劑對肉湯實驗細菌群落分布的影響 406
五、討論與總結(jié) 415
第四節(jié)　添加菌劑對發(fā)酵階段微生物組的影響 415
一、肉湯實驗發(fā)酵階段的劃分 415
二、發(fā)酵階段細菌群落組成的變化 416
三、發(fā)酵階段芽胞桿菌種群組成的變化 449
四、討論與總結(jié) 457
第五節(jié)　添加菌劑對肉湯實驗脂肪酸組的影響 460
一、概述 460
二、研究方法 460
三、不同處理組肉湯實驗過程脂肪酸組分析 463
四、不同處理組肉湯實驗過程特征脂肪酸變化 499
五、不同處理組肉湯實驗脂肪酸培養(yǎng)組變化 520
六、討論與總結(jié) 550
第六節(jié)　添加菌劑對肉湯實驗物質(zhì)組的影響 551
一、概述 551
二、研究方法 552
三、肉湯實驗物質(zhì)組發(fā)酵過程物質(zhì)組變化 552
四、添加芽胞菌劑發(fā)酵過程物質(zhì)組特性分析 561
五、添加鏈霉菌劑發(fā)酵過程物質(zhì)組特性分析 635
六、添加整合菌劑發(fā)酵過程物質(zhì)組特性分析 693
七、空白對照發(fā)酵過程物質(zhì)組特性分析 748

第五章　整合微生物組菌劑功能群與同工菌 805
第一節(jié)　概述 806
一、物種功能群 806
二、微生物群落 808
三、微生物功能群和同工菌 811
第二節(jié)　研究方法 814
一、肉湯實驗 814
二、微生物組和酶活性分析 814
第三節(jié)　肉湯實驗微生物組功能群的分析 816
一、引言 816
二、芽胞菌劑組功能群分析 817
三、鏈霉菌劑組功能群分析 820
四、整合菌劑組功能群分析 824
五、空白對照組功能群分析 827
六、討論 831
第四節(jié)　肉湯實驗芽胞桿菌同工菌的分析 831
一、引言 831
二、芽胞菌劑組芽胞桿菌同工菌分析 833
三、鏈霉菌劑組芽胞桿菌同工菌分析 838
四、整合菌劑組芽胞桿菌同工菌分析 842
五、空白對照組芽胞桿菌同工菌分析 846
六、討論 850

第六章　整合微生物組菌劑的應用 851
第一節(jié)　整合微生物組菌劑用于生防菌肥二次發(fā)酵 852
一、用于細菌生防菌肥二次發(fā)酵 852
二、用于真菌生防菌肥二次發(fā)酵 858
第二節(jié)　整合微生物組菌劑用于植物疫苗二次發(fā)酵 893
一、用于細菌植物疫苗二次發(fā)酵 893
二、用于真菌植物疫苗二次發(fā)酵 901
第三節(jié)　整合微生物組菌劑用于配制育苗基質(zhì) 908
一、概述 908
二、研究方法 908
三、不同配方的基質(zhì)理化性質(zhì)分析 910
四、 不同墊料浸提液對種子發(fā)芽的影響及不同基質(zhì)對蔬菜生長的影響 911
五、基于墊料的基質(zhì)配方蔬菜育苗生長特性的相關(guān)性分析 917
六、討論 919
第四節(jié)　整合微生物組菌劑用于防治番茄青枯病 920
一、概述 920
二、研究方法 920
三、不同處理番茄根系的土壤養(yǎng)分含量分析 922
四、青枯病植物疫苗對番茄育苗健康的作用 923
五、青枯病植物疫苗及其應用方式對番茄田間生長特性的影響 923
六、青枯病植物疫苗及其應用方式對番茄青枯病田間防效的影響 924
七、討論 925
第五節(jié)　整合微生物組菌劑用于修復番茄連作障礙 926
一、概述 926
二、研究方法 926
三、不同處理對土壤養(yǎng)分含量的影響 928
四、不同處理對土壤酶活性的影響 928
五、不同處理對番茄田間植株生長特性的影響 929
六、不同處理對番茄青枯病害防效的影響 929
七、討論 930

參考文獻 932