人造生命體齊格被黑之暗匿者的御主六導(dǎo)玲霞暗算，本來(lái)已經(jīng)瀕臨死亡，卻又復(fù)活了，連他自己都不知道原因。

與此同時(shí)，追蹤黑之暗匿者的裁定者貞德遭到了出乎意料的反擊。在這場(chǎng)戰(zhàn)斗證明的事實(shí)面前，齊格開(kāi)始對(duì)人類本身產(chǎn)生了疑惑。

最后的戰(zhàn)爭(zhēng)即將到來(lái)，活下來(lái)的從者和御主們面臨著各種抉擇。決戰(zhàn)的戰(zhàn)場(chǎng)，就是容納了大圣杯的巨大寶具虛榮的空中庭園。

這場(chǎng)外典圣杯戰(zhàn)爭(zhēng)，是以第三次圣杯戰(zhàn)爭(zhēng)為分歧點(diǎn)，與Fate/stay night和Fate/Zero完全不同的世界。圍繞著拯救世界的目標(biāo)，同為裁定者的貞德與天草四郎時(shí)貞，向絕對(duì)不允許失敗的戰(zhàn)斗發(fā)起挑戰(zhàn)！