本書內(nèi)容包含：棉花基因組調(diào)研與組裝、棉花二倍體基因組研究、異源四倍體棉花基因組研究、棉花種質(zhì)資源與變異組學(xué)研究、植物三維基因組學(xué)研究和棉花的表觀遺傳學(xué)研究。第一章介紹了基因組調(diào)研、測序技術(shù)、序列組裝和基因注釋相關(guān)的基礎(chǔ)理論知識；第二章和第三章分別介紹了棉花二倍體和異源四倍體基因組研究的具體案例與科學(xué)發(fā)現(xiàn)；第四章主要概述了中國棉花種質(zhì)資源的創(chuàng)新與利用現(xiàn)狀，介紹了亞洲棉、陸地棉和海島棉的變異組學(xué)研究進(jìn)展，總結(jié)了重要農(nóng)藝性狀形成的關(guān)鍵位點和基因；第五章介紹了植物三維基因組學(xué)發(fā)展歷程、主要技術(shù)、數(shù)據(jù)分析流程和**研究進(jìn)展；最后一章介紹表觀遺傳基因組研究現(xiàn)狀，總結(jié)了DNA甲基化、蛋白質(zhì)翻譯后修飾和非編碼RNA研究成果以及棉花表觀遺傳研究進(jìn)展。
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目錄
前言
第一章 棉花基因組調(diào)研與組裝 1
第一節(jié) 基因組調(diào)研 1
第二節(jié) 基因組測序與組裝 7
第三節(jié) 基因組可視化與注釋 22
第四節(jié) 棉花基因組組裝案例 29
參考文獻(xiàn) 31
第二章 棉花二倍體基因組研究 34
第一節(jié) 棉花二倍體基因組概述 34
第二節(jié) 棉花二倍體基因組大事記 35
第三節(jié) 雷蒙德氏棉基因組研究進(jìn)展 41
第四節(jié) 亞洲棉基因組研究進(jìn)展 46
第五節(jié) 澳洲棉基因組研究進(jìn)展 52
第六節(jié) 瑟伯氏棉和戴維遜氏棉基因組研究進(jìn)展 56
第七節(jié) 特納氏棉基因組研究進(jìn)展 66
第八節(jié) 草棉基因組研究進(jìn)展 67
第九節(jié) 長萼棉基因組研究進(jìn)展 69
第十節(jié) 異常棉基因組研究進(jìn)展 70
第十一節(jié) 司篤克氏棉基因組研究進(jìn)展73
第十二節(jié) 比克氏棉基因組研究進(jìn)展74
第十三節(jié) 圓葉棉、亞洲棉、雷蒙德氏棉基因組研究進(jìn)展82
參考文獻(xiàn) 90
第三章 異源四倍體棉花基因組研究 92
第一節(jié) 異源四倍體棉花基因組研究現(xiàn)狀 92
第二節(jié) 陸地棉基因組測序研究進(jìn)展 99
第三節(jié) 海島棉基因組研究進(jìn)展 134
第四節(jié) 其他四倍體棉花基因組研究進(jìn)展 138
參考文獻(xiàn) 146
第四章 棉花種質(zhì)資源與變異組學(xué)研究 149
第一節(jié) 中國棉花種質(zhì)資源概況 149
第二節(jié) 全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 157
第三節(jié) 亞洲棉變異組及重要性狀遺傳基礎(chǔ)解析 160
第四節(jié) 陸地棉變異組及重要性狀遺傳基礎(chǔ)解析 168
第五節(jié) 海島棉變異組研究 195
參考文獻(xiàn) 204
第五章 植物三維基因組學(xué)研究 207
第一節(jié) 三維基因組學(xué)概述 207
第二節(jié) 三維基因組學(xué)研究技術(shù) 209
第三節(jié) 植物三維基因組層級結(jié)構(gòu) 219
第四節(jié) 三維基因組數(shù)據(jù)分析 228
第五節(jié) 三維基因組可視化 236
第六節(jié) 植物三維基因組研究進(jìn)展 238
第七節(jié) 展望 240
參考文獻(xiàn) 240
第六章 棉花的表觀遺傳學(xué)研究 251
第一節(jié) 表觀遺傳學(xué)的發(fā)展、定義和分類 251
第二節(jié) 表觀遺傳學(xué)的研究現(xiàn)狀 252
第三節(jié) 棉花基因組 DNA甲基化研究進(jìn)展 256
第四節(jié) 棉花蛋白質(zhì)翻譯后修飾研究進(jìn)展 266
第五節(jié) 棉花非編碼 RNA研究進(jìn)展 276
第六節(jié) 棉花表觀修飾和多倍體基因組進(jìn)化 282
第七節(jié) 表觀修飾之間的互作及其意義 290
第八節(jié) 棉花表觀遺傳研究展望 293
參考文獻(xiàn) 296
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