目錄
第一章 緒論1
第一節(jié) 生物信息學的概念1
第二節(jié) 生物信息學的歷史2
第三節(jié) 為什么要學生物信息學4
第四節(jié) 生物信息學的方向和應用領域4
第五節(jié) 如何學習生物信息學6
第二章 生物信息學數(shù)據(jù)資源8
第一節(jié) 數(shù)據(jù)庫概述8
第二節(jié) 核酸數(shù)據(jù)庫9
第三節(jié) 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫15
第四節(jié) 基因組數(shù)據(jù)庫21
第五節(jié) 其他生物信息學數(shù)據(jù)庫23
第三章 序列比對25
第一節(jié) 序列比對概述25
第二節(jié) 序列比對的評分體系27
第三節(jié) 雙序列比對方法35
第四節(jié) 多序列比對方法40
第四章 數(shù)據(jù)庫搜索48
第一節(jié) 數(shù)據(jù)庫搜索概述48
第二節(jié) 基本局部比對搜索工具49
第三節(jié) 高級數(shù)據(jù)庫搜索56
第五章 系統(tǒng)發(fā)育分析60
第一節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育概述60
第二節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育樹的構建方法65
第三節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹的評估73
第六章 自然選擇的檢驗75
第一節(jié) 生物進化重要理論概述75
第二節(jié) 氨基酸位點的適應性進化77
第三節(jié) 特定位點和分支的適應性進化83
第四節(jié) 群體自然選擇檢驗86
第七章 基因組學90
第一節(jié) 基因組學概論90
第二節(jié) 基因組分析93
第三節(jié) 基因組學研究方向及應用106
第八章 轉(zhuǎn)錄組學111
第一節(jié) 轉(zhuǎn)錄組概述111
第二節(jié) RNA-seq實驗和分析的基本思路112
第三節(jié) 轉(zhuǎn)錄組常用數(shù)據(jù)庫125
第九章 蛋白質(zhì)組學128
第一節(jié) 蛋白質(zhì)組學概述128
第二節(jié) 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的產(chǎn)生130
第三節(jié) 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的分析138
第十章 代謝組學149
第一節(jié) 代謝組學概述149
第二節(jié) 代謝組學數(shù)據(jù)處理的常用方法152
第三節(jié) 代謝組學分析工具和數(shù)據(jù)庫概述161
第四節(jié) 代謝組學分析工具——MetaboAnalyst167
第十一章 蛋白質(zhì)結構計算175
第一節(jié) 蛋白質(zhì)結構分類175
第二節(jié) 蛋白質(zhì)三維結構預測179
第三節(jié) 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用預測188
第四節(jié) 展望192
第十二章 表觀基因組學194
第一節(jié) 表觀基因組概述194
第二節(jié) DNA甲基化194
第三節(jié) 組蛋白修飾198
第四節(jié) RNA修飾204
第五節(jié) 常見表觀基因組數(shù)據(jù)資源及工具210
第十三章 宏基因組215
第一節(jié) 宏基因組概述215
第二節(jié) 宏基因組數(shù)據(jù)的產(chǎn)生217
第三節(jié) 宏基因組數(shù)據(jù)的分析221
第四節(jié) 宏基因組數(shù)據(jù)的相關資源與工具229
第十四章 非編碼RNA235
第一節(jié) 非編碼RNA概述235
第二節(jié) miRNA的生物信息學分析238
第三節(jié) lncRNA的鑒別及分析240
第四節(jié) circRNA的鑒別及分析243
第十五章 系統(tǒng)生物學246
第一節(jié) 系統(tǒng)生物學概述246
第二節(jié) 常見分子生物網(wǎng)絡248
第三節(jié) 系統(tǒng)生物學的建模策略254
第四節(jié) 生物分子網(wǎng)絡分析259
第五節(jié) 系統(tǒng)生物學數(shù)據(jù)資源和工具268
主要參考文獻270