南京圖書館所藏各類稿本是其古籍收藏的一大特色，《南京圖書館藏未刊稿本集成》精選有價值的稿本1045種影印出版。本書收集史部珍稀稿本204種，參照《中國古籍總目·史部》的分類，按照史部紀傳、編年、紀事本末、雜史、史表、史評、傳記、政書、詔令奏議、地理、金石這十一大類，擬分為190冊。其中不乏一些清代大家的著作，如惠棟《山海經(jīng)補注》、黃易《小蓬萊閣金石目》等。前者是清代學者惠棟補注山海經(jīng)的原稿本，后者首有丁丙跋等，都具有很高的版本價值。