本書分三卷，上卷自“臟腑經(jīng)絡(luò)先后第一”至“血痹虛勞第六”6篇，中卷自“肺瘺肺癰咳嗽上氣第七”至“驚悸吐衄下血胸滿瘀血第十六”10篇，下卷自“嘔吐噦下利第十七”至“果實(shí)菜谷禁忌第二十五”9篇，書前有李錦、曹溶、程應(yīng)旄三家之序及林億“金匱要略方論序”等。